一场霍乱使性情乖戾的玛丽成了孤儿，她只得被送往远在英国约克郡的克莱蒙庄园和舅舅克莱蒙先生一起生活。克莱蒙先生伤心妻子之死，变得阴郁古怪消沉遁世，他的庄园里有上百间被锁闭的房子，有10年不许人进入的秘密花园。玛丽意外地在知更鸟的帮助下找到这个秘密花园的大门和钥匙，并且，她还听到了一个神秘的哭声，这些都吸引着她去探索庄园之谜。那个传出哭声的男孩叫柯林。所有的人都以为他离死不远了，可是，在玛丽的帮助下，柯林感觉到了生活的温暖，在秘密花园里学会了奔跑和大笑。