摩尔根的《基因论》，为生物学实现新的理论综合奠定了坚实的基础，不但推动了细胞学的发展，还将生物学研究从细胞水平提升到了分子水平。《基因论》的出版问世，使得遗传学向生物学的其他学科渗透成为大趋势。 其主要内容为：第一章到第四章，探究基因在染色体上的位置和作用，提出基因连锁群的概念及其交换机制；第五章到第六章，进一步研究突变性状的起源，探究突变性状和基因缺失之间的关系以及多等位基因；第七章到第十三章，主要是对由染色体数目的成倍增加所得来的单倍体、三倍体、四倍体、多倍体进行探讨，此外，还对因染色体不规则增减而出现的异倍体，以及种间杂交时染色体数目的变化进行了深入探讨；第十四章到第十七章，对性别决定机制、性中型以及性逆转进行论述；第十八章到第十九章，回顾全书，并得出基因具有高度稳定性这一浓缩性结论。