作者以演化生物学为基础，研究微生物与人类自古以来的共生关系。 微生物的基因也是我们基因的一部分，只不过它们演化的速度更快，足以顺应人体的需求做出调整。 然而人类生活方式的改变却破坏了体内“微生物生态系统”的平衡，例如抗生素虽然可以救命，但也会杀死对我们有益的微生物；现代人高脂、高糖、低纤维的饮食习惯，让体内的“肥胖”微生物和“纤瘦”微生物比例失衡，进而引发肠道疾病，增加身体组织发炎的概率；剖宫产和配方奶粉的盛行，剥夺了新生儿从母亲身上接收益菌的机会，甚至提高了感染坏菌的风险。