本次整理以最为通行的1936年中华书局《饮冰室合集》本为底本，以《中国近三百年学术史》稿本、清华学校讲义本、《史地学报》刊载本、《东方杂志》刊载本、民志书店第四版单行本、《东方文库续编》本为通校本，以《中国近三百年学术概略》稿本、南开大学暑期讲义本、辅仁大学铅排本、重庆中华书局重排重校单行本以及《学灯》《晨报五周年纪念增刊》《晨报副镌》等报刊所刊载者为参校本，举凡脱、讹、衍、倒者一千数百处，一一校订，使得《中国近三百年学术史》之文本，更为完善。